Länsstyrelserna kan med stöd av undantagsbestämmelserna i Fågeldirektivet ge tillstånd till skyddsjakt på storskarv, en möjlighet som utnyttjats i flera län längs östkusten, samt i de flesta länen runt de stora sjöarna och i Halland.

Möjligheten att därutöver införa skyddsjakt på storskarv på enskilds initiativ utreddes 2019/2020 av en speciellt tillsatt beredningsgrupp i samband med en översyn av samtliga jakttider i jaktförordningen. Översynen genomfördes av Naturvårdsverket på uppdrag av regeringen. Att möjliggöra skyddsjakt på enskilds initiativ hade föreslagits av ett antal länsstyrelser och intresseorganisationer. Det skulle minska länsstyrelsens administration samt ge enskilda möjlighet att vid behov – utan tillståndsbeslut från länsstyrelsen – kunna förebygga skada kring flygplatser av flygsäkerhetskäl, samt under vissa förutsättningar skada kring fiskeredskap, vid fiskodling och utsättningsplatser, samt i fredningsområden för fisk.

Som en följd av jakttidsöversynen infördes skyddsjakt på storskarv på enskilds initiativ den 1 juli 2021. För aktuell information om gällande regler och jakttider för skyddsjakt på enskilds initiativ, se Svenska Jägareförbundets jakttidssida.

Det är fortfarande länsstyrelsen som fattar beslut om skyddsjakt i andra situationer än de som omfattas av skyddsjakt på enskilds initiativ.

Flera grupper anser att skarven borde omfattas av allmän jakt, dels för att fåglarna är många till antalet och i många fall betraktas som skadedjur och dels för att skydda Fågeldirektivets trovärdighet. Fågeldirektivet bör inte stå som skydd för en art så allmän som skarven.

Storskarv jagas främst med skjutvapen från båt. Motorbåtar är tillåtna i jakten, men motorn måste vara avstängd sedan minst en minut. Man får till exempel inte skjuta nära boplats för skarv, havsörn eller fiskgjuse, eller inom fågelskyddsområde. Äggprickning och förstörelse av bon är två andra metoder som också tillåts i lite mindre utsträckning.

I de flesta fall sker skyddsjakten från slutet av augusti till december, vilket innebär att det är mycket ungfåglar och övervintrande storskarvar från atlantkusten som skjuts.